האגודה למען הלהט"ב בישראל מעניקה לחברי הקהילה ייעוץ וסיוע בפניות הקשורות לזהותם המינית והמגדרית. בין היתר מסייעת המחלקה בדיני משפחה, עבודה, הגירה, הסדרת מעמד בישראל ופלילים.
בנוסף המחלקה מפעילה מערך ייצוג וסיוע משפטי לאוכלוסייה הטרנסית בשיתוף עם משרד עורכי הדין קלעי רוזן ושות'.